利用偏置技术模拟冰束缚的新计算方法

一些分子倾向于紧密地结合到冰的表面上,形成曲线界面,其抑制冰晶的进一步生长。

冰偏析模拟可以从甲虫Tenebroiro Molitor,TMAFP检测过度活性抗冻蛋白的冰结合位点。图像学分:Pavithra M.睡不起绌。

某些植物、昆虫和水生生物含有这种蛋白质分子,它作为天然的防冻剂,使生物体能够忍受冰冻温度。

化学物理学报,从每年出版,一组研究人员描述了一种模拟冰束缚的计算技术,其中包括在模拟中使用偏倚方法来诱导冰的形成。

防冻蛋白通过结合液态水和冰之间的界面发挥作用。随之而来的弯曲表面阻止了冰的生长。此外,还有能催化从过冷的液态水中生成冰的成核分子。

这两种现象都需要深入了解分子与冰结合的方式。从气候模拟到器官超低温保存,获取有关冰结合的知识对各种应用都至关重要。然而,目前还没有有效模拟这一现象的计算技术。

冰偏置模拟方法的中央优势在于它同时识别冰结合表面,冰的面部结合的冰和结合方式

瓦莱里娅·莫里内罗(Valeria Molinero)是犹他大学的研究作者

研究人员制作了两种类型的模型。一种是全原子模型,包括存在于水的冰和液相以及防冻剂分子中的所有原子。

研究的第二个模型被称为粗粒度模型,它减少了将原子混合到更简单的结构中所使用的计算资源。

这项研究分析了几种与冰结合的分子,比如聚乙烯醇——一种合成的冰重结晶抑制剂——和天然抗冻蛋白,比如甲虫的抗冻蛋白Tenebrio莫利托

由于蛋白质具有非常小的粘合冰的表面,因此它们难以模拟。这限制了可以由它们束缚的冰晶晶体的大小。

某些系统有不止一个地方可以结冰。这对海冰硅藻中存在的天然抗冻蛋白来说也是如此Frailariopsis cylindrus.研究人员设计了一种名为“帽重复”的技术,以确定这样的蛋白质是否有多个冰结合表面(IBS)。

在这种策略中,我们首先执行偏见的模拟以检测IBS。然后,我们将IBS概括为防止冰地形成并执行第二个偏置模拟,以了解其他网站中的冰敷

瓦莱里娅·莫里内罗(Valeria Molinero)是犹他大学的研究作者

作为研究的一部分开发的技术表现出巨大的潜力,例如在储存时确定分子以保护冷冻组织,进一步了解天然防冻蛋白以及气候模型,在空中冰核发挥重要作用。

期刊引用:

Naullage, p . M。.(2020)用于识别冰结合表面及其如何结合冰的计算高效方法。化学物理学报doi.org/10.1063/5.0021631

来源:https://www.aip.org/

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