土地研究所的Lee Dehaan博士与堪萨斯州立大学，JGI，Hudsonalpha，Hudsonalpha，Utah State University和领先的基因组大数据公司NRGENE合作，宣布了改进而准确的中间小麦基因组中间小麦基因组的组装。
Dehaan博士正在领导着将中间小麦草变成多年生谷物作物的努力，该农作物被销售为Kernza®。根据其产量，抗病性，阻力，罚款能力，谷物质量和种子大小的多发选择最佳植物的选择和交配，导致当前正在评估并进一步选择的中间小麦草的种群改善环境。
目的是开发产生粮食中间小麦草的种类，这些品种经济，对于农民在不同的气候下种植以满足人类食物需求的同时增强土壤健康，这是经济的。
除了帮助驯化中间小麦草的驯化外，该组装还有望通过小麦和多年生草之间的广泛杂交加快多年生小麦的发展。土地研究所的首席科学家Dehaan博士说：“我们很高兴能利用这些数据来更好地跟踪小麦的特征和感兴趣的基因进入多年生小麦线。”“新组装将大大减少我们的分析时间，并使用下一代基因分型方法改善我们的基因组预测。”
该组件的最新版本结合了10倍基因组学与Denovomagictm3.0软件的新读物，已达到25.9 MB的脚手架N50，并具有2.55％的未填充序列间隙和97.9％的BUSCO基因覆盖率。
Denovomagic™几乎可以从Illumina Short Reads中组装任何从头开始的基因组，甚至在获得原始序列数据的几天到几周内完成了最具挑战性的组件。Denovomagic 3.0即使对于大型，重复性，多倍体和杂合基因组，也可以从NGS数据中产生长，准确和分阶段的支架。
当前的中间小麦草组装v2.1可通过JGI的Phytozome网站获得。Dehaan博士和他的合作者现在正在与Popseq，Hi-C和其他第三代测序进行完善最新的NRGENE大会，并将在不久的将来在Phytozome上提供此版本。
Nrgene首席执行官Gil Ronen说：“中级小麦草项目是公共和私人伙伴关系动态能力的杰出例子。”“多年生小麦草在一个方面带来了两个好处：它将成为营养的关键来源，因为其根系阻止了侵蚀，并为未来的耕地维持了农田。”
一个资助者的财团支持该项目，包括土地研究所，JGI的社区科学计划和Malone家族土地保护基金会通过多年生农业项目。亚博老虎机网登录
来源：http://www.nrgene.com/