MALS和SAXS聚合时间研究生物聚合网络汇编:Fibrin编译

生物聚合丝网是生物界关键构件关键例子包括连接组织(collagen)、细胞细胞箱(actin)和血液凝聚系统(fibrin)。

过程聚合或聚合大型分子单片体后产生,并可用时间解散法检查,通过纯构件合并触发a应用DAWNDSP Mals先前显示仪表显示Fibrinogen集成的早期反应阶段 _华府并 g级 ²> _复元诸大大赛

无法从MALS数据早期反应阶段恢复纤维跨段演化-纤维结构编组中关键结构参数光谱剖面可使用所谓的Casassa绘图法判定,但大多数反应物都太短( < 200Nm)无法应用或多段平均半径 C级 ²> _复元从SAXS数据中回收

实验搭建SAXS流道毛片细胞HELEOS-II18形MALS检测器并装配阻流混合器MALS检测器在这一构件中起关键作用,帮助跟踪综合进化 C级 ²> _复元对比体 _华府并 g级 ²> _复元对比体 _华府开始阶段fribrin聚合

建模潜在反应路径显示,fribrin汇编传统机制包括双串Fibrils即时编组半串装单机单元并不足以解释数据。

有人建议修订模型完全兼容数据,还可以澄清fribrin网络的其他方面。

图1经典Fibrigene网络编译模型微粒切除二小粒子后发现Gly-Pro-Arg(GPR)knobs启动自组化生成长半错排完全双串化fibrils侧Fibril聚合和分支帮助延迟消除另外一对pitides(FpB)生成fibrin网络

亚博网站下载材料方法

试剂

实验中只使用试剂级化学物,所有解决方案都使用MilliQ水Lyophic化粒子耗尽人FG取自ERL

实验前用20 mg/ml重构并净化分辨尺寸排查列约20ml约2mg/ml存储解析sigma-AldrichsA-5042

50NIH单元/mliquot编译并保留在-80摄氏度GPRP-NH₂H-1998来自Bachem

NACl 104mM,Tris 50mM,apritin 10KIU/mL,pH7.4(TBS)₂125mm缓冲

工具化

远程控件需要SAXS波束测量整个搭建由四环形阻流混合器组成,并加插混合器、外部单片阀和分片机

程序设置防止长时间等待注入时交叉污染,并允许注入完成后快速冲刷外部混音器内线70PEEK/tium0.1m滤波房紧接混音器消除粒子

图2停止流MALS/SAXS搭建图显示下方阀的两个位置实验期间使用其他阀组合(见[5])。绿色缓冲丰田反应混合

图3s-SAXS综合设备SOLILS

反应混合器中不应扰动马尔斯单元格时间解析,但在SAXS阴道中应定期刷新这样做是为了确保强X光束不会对蛋白质造成不可逆损害

四向旋转阀位位于SAXS和MALS细胞间,注入后立即将MALS单元从其余部分分离开并引导流向SAXS阴道解决方案通过SAXS阴道推增5微升/2X光片段,每次X光片段持续约0.5秒5秒大约1.6毫升需要填充细胞和积聚循环

MALS数据采集分析

HELEOS-II单元稳定在20+0.1摄氏度,以确保静态马尔斯样本没有被激光大加热ASTRA6.0.3软件初步分析和数据采集

dn/dc值0.192cm³/g受雇FG和TBSn=1332 atQ651nm,提供16分布角13.5度至157.5度间QELS光纤定位于约100度12号位置并使用R_g级FG直接由SAXS在同一样本中判定实现正常化

在同一文档中,获得了不止一次聚合运行,直接注入缓冲混合缓冲序列而ASTRA软件运行图4显示部分处理运行实例

图4HELEOS-II从0.46 mg/mlfri反应停止前凝点A板全数据集B类板块上第一个~100s时间重新缩放到注入阶段尾注意数据质量极佳 即使是最小角

齐姆形式化处理数据反应生成重多差类类,Zimm块状快速偏差角线性

每一数据集装有从一度到五度不等多元值,排除并包括两个最底层角(图5)。结果 _华府并 g级 ²> _复元数据集随后发送Excel ^®电子表格物理整理段以优化角依赖并最终建立 g级 ²> _复元值(值) _华府值受具体安装过程影响小)

进行了更多模拟以确定流程精度提供 g级 ²> _复元yabo214值多差混合棒状粒子

图5ASTRA处理Fig数据4级a切片混合后51秒收集,突出显示需要不小于3度多角并包括20.9度散射角面板B445收集5度多角

SAXS数据采集分析

SAXS检测器距离4m非聚合FG运行后内部数据处理 g级 ²> _复元数值取自剖面Guinier用US-SOMOSAS模块

建模

复杂fribrin聚合模型全描述RoccoM等描述2014年J.美联储切姆苏维埃136 5376-5384

建模允许计算FG分子中两个FPA之间的释放比Q高Q值分布向长聚合物倾斜

结果与讨论

图6显示数组绘制权平均摩尔质量 _华府平均平方圆 g级 ²> _复元和平均平方厚度 C级 ²> _复元FG聚合物由Ancrod在不同溶性条件下-BS、TBS+C ₂mm1.25TBS+GPRP-NH ₂十倍摩尔溢出FG

图6MALS/SAXS并发性Fibringen聚合条件不同:TBS为Tris盐缓冲TBS带Ca⁺⁺脱机和TBS加GPRP-NH₂iptide竞争绑定网站 用量限制反应停止前凝点⁺⁺.

发现时间进化三大条件大相径庭 _华府并 C级 ²> _复元中只观察到微变 C级 ²> _复元GPRP-NH数据 ₂抑制器比无GPRP-NH ₂.

反之,通过绘图从同项数据中去除时间因子 C级 ²> _复元对比体 _华府三大数据集并发显示基本聚合机制相同, 不论时间进化的巨大差异

微小差异显示 C级 ²> _复元对比体 _华府GPRP-NH时绘图 ₂抑制器存在于限值量中

图7平方圆图权平均摩尔质量和平均平方厚度FG聚合物在不同条件下的权平均摩尔质量叠加式模型曲线生成某些聚合模型(见文本)。

建模后推算结果初始使用传统模型

完全半错排双串固态聚合物可只适合初始部分 C级 ²> _复元对比体 _华府块形图(图6A表示灰度折行曲线)。完全半错排双悬浮半软聚合物 C级 ²> _复元对比体 _华府数据集(图7A表示橙色破折曲线)。

但这些模型无法适应 C级 ²> _复元对比体 _华府曲线(图7B虚灰曲线表示图7B)显示聚合物宽度逐步比传统模型预期的宽度增加。

之后开发出一个新的fibrin聚合模型,包括一个绑定事件和延迟向完全双串friils过渡,如图8A所示

图8双串化Fibrin聚合模型A板板单约束ds完全转换面板B顶端:分支结构生成底部:典型生成分支fril

延时模式创建聚合物R_g级近似完全DS实体,并按SAXS观察,交叉式与父FG单调器相同

此外,新模型还帮助分支早期生长(图8B)。通过调整ds转换和分支发生,有可能创建模型曲线与 C级 ²> _复元对比体 _华府并 C级 ²> _复元对比体 _华府图7黑线

结论

聚合反应初始阶段 Fibrin网络显示像棒状长单片组装复杂行为可用描述MALS测量

形状和大小相关参数的进化由时序MLAS数据确定最优角范围加上由温度控制18角DAWN仪制成的一致数据,为全面建模研究打下坚实基础,以解释这些系统

并发SAXS数据与MALS数据一起通过DAWN流细胞配置获取,对判定Fibrils横向生长剖面图很重要,因为它们分支和厚

标准Fibrin网络编组模式不促进聚合过程早期分支化依据MALS-SAXS强效分析结果对范式进行了满怀信心的修订

在新模型中,生长式fribrin块数分支可能互连,而新编网络细片上的其他分支崩溃,产生厚低密度纤维

ASTRA软件提供先进能力获取处理MALS数据yabo214复元聚合过程生成的像棒粒子混合体复杂多差性质规定需要进一步处理数据开发人工法检测多语序和最优角程研究非线性Zim正在展开工作以在一定程度上实现任务自动化

快速混合MALS/SAXS搭建研究人员分析相似反应,创建合成或生物聚合物田中的丝状网络,如果他们已经在实验室用自己的ALS工具定义自己的系统,就可以利用这一新机会

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